ALTIN 488,66
DOLAR 8,6580
EURO 10,1795
BIST 1.419
Adana Adıyaman Afyon Ağrı Aksaray Amasya Ankara Antalya Ardahan Artvin Aydın Balıkesir Bartın Batman Bayburt Bilecik Bingöl Bitlis Bolu Burdur Bursa Çanakkale Çankırı Çorum Denizli Diyarbakır Düzce Edirne Elazığ Erzincan Erzurum Eskişehir Gaziantep Giresun Gümüşhane Hakkari Hatay Iğdır Isparta İstanbul İzmir K.Maraş Karabük Karaman Kars Kastamonu Kayseri Kırıkkale Kırklareli Kırşehir Kilis Kocaeli Konya Kütahya Malatya Manisa Mardin Mersin Muğla Muş Nevşehir Niğde Ordu Osmaniye Rize Sakarya Samsun Siirt Sinop Sivas Şanlıurfa Şırnak Tekirdağ Tokat Trabzon Tunceli Uşak Van Yalova Yozgat Zonguldak
İstanbul 26 °C
Sağanak Yağışlı

Dairesel DNA Sıralamak için Yeni Araç Geliştirildi

17.05.2020
112
Dairesel DNA Sıralamak için Yeni Araç Geliştirildi

Yeni yöntem, memelilerde ve bitkilerde bakteri ve virüslerin genomlarının yanı sıra kromozom dışı dairesel DNA hakkında bilgi sağlayacaktır.

Yeni bir araştırmaya göre, Alberta Üniversitesi biyologları dairesel DNA’yı dizilemenin yeni bir yolunu keşfettiler. CIDER-Seq adı verilen araç, diğer bilim insanlarına her tür hücredeki dairesel DNA hakkında zengin ve doğru veriler verecektir.

Kendi DNA’mız doğrusal olsa da, dairesel DNA bakteri ve virüslerin genomlarında yaygındır. Bilim adamları ayrıca insan ve bitki hücrelerinin çekirdeğinde, kromozom dışı dairesel DNA (eccDNA) adı verilen dairesel DNA’yı keşfettiler. Son zamanlarda, eccDNA’nın insan kanserindeki rolünü araştırmaya başlandı – ancak eccDNA’yı incelemek ve sıralamak için etkili yöntemlerin bulunmaması nedeniyle ilerleme engellendi.

Biyoloji Bilimleri Bölümünde doktora sonrası araştırmacı ve baş yazar olan Devang Mehta, “Temel ilerlememiz, yöntemimiz sayesinde bilim insanlarının nihayetinde herhangi bir hücrede dairesel DNA’nın tarafsız, yüksek çözünürlüklü bir anlayış kazanabilmesidir” dedi. “CIDER-Seq buluşumuzla, bu gizemli dairesel DNA’ların insan ve bitki hücrelerindeki işlevlerini anlamaya başlayabiliriz.”

CIDER-Seq, PacBio adlı DNA sıralama teknolojisini kullanır. Yöntem, bir web laboratuarı protokolünün yanı sıra yeni bir hesaplamalı boru hattı içerir. Hem viral genomları hem de eccDNA’yı incelemek için optimize edilmiştir ve çevrimiçi olarak diğer bilim adamları tarafından erişilebilir hale getirilmiştir.

Mehta, “Sonunda tam uzunlukta eccDNA dizileri elde etmek için yeni bir moleküler biyoloji yöntemi ve yeni bir biyoinformatik algoritması tasarladık” dedi. “Sonunda yöntemimiz bu molekülleri tamamen dizilememize izin veriyor ve bize ve diğer araştırmacılara hücrede gerçekte ne yaptıklarını daha iyi anlamaları için bir araç sağlıyor.”


Kaynak: Devang Mehta, Luc Cornet, Matthias Hirsch-Hoffmann, Syed Shan-e-Ali Zaidi ve Hervé Vanderschuren, Nisan 2020, Nature Protocols tarafından “CIDER-Seq kullanılarak dairesel DNA virüslerinin ve kromozom dışı dairesel DNA’nın tam uzunlukta sekanslanması”.

Çalışma, Belçika’daki Liege Üniversitesi’nde Herve Vanderschuren ile işbirliği yapıyordu.

Bu araştırmanın finansmanı Mehta’nın İsviçre Ulusal Bilim Vakfı ve Avrupa Komisyonu’nun Yedinci Çerçeve Programı bursları tarafından sağlandı. Vanderschuren laboratuarı Fonds de la Recherche Scientifique ve Avrupa Birliği’nin LEAPAgri programı tarafından desteklendi.

Dairesel DNA Sıralamak için Yeni Araç Geliştirildi 1

ZİYARETÇİ YORUMLARI - 0 YORUM

Henüz yorum yapılmamış.