ALTIN 499,21
DOLAR 8,8689
EURO 10,4740
BIST 1.385
Adana Adıyaman Afyon Ağrı Aksaray Amasya Ankara Antalya Ardahan Artvin Aydın Balıkesir Bartın Batman Bayburt Bilecik Bingöl Bitlis Bolu Burdur Bursa Çanakkale Çankırı Çorum Denizli Diyarbakır Düzce Edirne Elazığ Erzincan Erzurum Eskişehir Gaziantep Giresun Gümüşhane Hakkari Hatay Iğdır Isparta İstanbul İzmir K.Maraş Karabük Karaman Kars Kastamonu Kayseri Kırıkkale Kırklareli Kırşehir Kilis Kocaeli Konya Kütahya Malatya Manisa Mardin Mersin Muğla Muş Nevşehir Niğde Ordu Osmaniye Rize Sakarya Samsun Siirt Sinop Sivas Şanlıurfa Şırnak Tekirdağ Tokat Trabzon Tunceli Uşak Van Yalova Yozgat Zonguldak
İstanbul 23 °C
Parçalı Bulutlu

SARS-CoV-2’nin 3D Analizi, Virüs Taktikleri – Coronavirüsün İnsan Hücrelerini Nasıl Etkilediği ve Çoğalttığına İlişkin İpuçları Ortaya Çıkardı

14.09.2021
20
SARS-CoV-2’nin 3D Analizi, Virüs Taktikleri – Coronavirüsün İnsan Hücrelerini Nasıl Etkilediği ve Çoğalttığına İlişkin İpuçları Ortaya Çıkardı

Aquaria’daki COVID-19 protein modelleme kaynağının açılış sayfası. Kredi: Garvan Tıbbi Araştırma Enstitüsü

3D yapısının en kapsamlı analizi SARS-CoV-2 Bugüne kadar, virüsün insan hücrelerini nasıl etkilediğine ve çoğaldığına dair yeni bilgiler ortaya çıkardı.

Garvan Tıbbi Araştırma Enstitüsü ve CSIRO’nun Data61’inden Profesör Sean O’Donoghue liderliğindeki araştırmacılar, koronavirüsün 27 proteinini içeren 2000’den fazla farklı yapıyı derlediler. Analiz, insan proteinlerini ‘taklit eden’ ve ‘kaçıran’ viral proteinleri tanımladı – virüsün hücre savunmasını atlamasına ve çoğalmasına izin veren taktikler.

Bu yapısal modellere şuradan ücretsiz olarak erişilebilir: Aquaria-COVID kaynağı, araştırma topluluğunun gelecekteki tedaviler veya aşılar için virüs üzerindeki potansiyel yeni hedeflere ‘yakınlaşmasına’ ve yeni virüs varyantlarını önemli ölçüde araştırmasına yardımcı olmak için ekip tarafından tasarlanan bir web sitesi.

“Kaynağımız, SARS-CoV-2’nin yapısının başka hiçbir yerde bulunmayan bir ayrıntı düzeyini içeriyor. Bu bize virüsün etkinliği hakkında eşi görülmemiş bir fikir verdi” diyor dergide bir makalenin ilk yazarı olan Profesör O’Donoghue Moleküler Sistemler Biyolojisi ekibin bulgularını detaylandırıyor.

SARS-CoV-2 Zarf Proteini

Aquaria’da modellenen SARS-CoV-2 zarfı. Kredi: Garvan Tıbbi Araştırma Enstitüsü

“Analizimiz, koronavirüs tarafından kullanılan temel mekanizmaları vurguladı; bu mekanizmalar da yeni tedavilerin ve aşıların geliştirilmesine rehberlik edebilir.”

Yapısal içgörüler

Biyolojik süreçleri daha iyi anlamak için araştırmacılar, hücreleri veya virüsleri oluşturan yapı taşları olan tek tek proteinlerin 3B şeklini belirler.

“Proteinlerin 3 boyutlu yapıları bize, virüsün farklı kısımlarını hedefleyen aşılar veya tedaviler geliştirmek için çok önemli olan SARS-CoV-2’nin bileşimi hakkında atomik çözünürlük bilgisi sağlıyor. SARS-CoV-2’ye odaklanan yakın tarihli bir araştırma sayesinde, bilim adamları virüsün 27 ayrı proteininin yaklaşık bin 3D yapısını ve ilgili proteinler için yaklaşık bin tane daha belirledi” diye açıklıyor Profesör O’Donoghue. “Ancak, şimdiye kadar tüm veri parçalarını bir araya getirmenin ve analiz etmenin kolay bir yolu yoktu.”

SARS-CoV-2 RNA Sentez Kompleksi

Aquaria’da modellenen SARS-CoV-2 RNA sentez kompleksi. Kredi: Garvan Tıbbi Araştırma Enstitüsü

Ekibin analizi, araştırmacıların virüsün insan bağışıklık sisteminden daha iyi gizlenmesine izin verdiğine ve çeşitliliğe katkıda bulunabileceğine inandıkları insan proteinlerini ‘taklit eden’ üç koronavirüs proteinini (NSP3, NSP13 ve NSP16) ortaya çıkardı. COVID-19 sonuçlar.

Modelleme ayrıca, araştırmacıların insan hücrelerindeki süreçleri ‘kaçırdığını’ veya bozduğunu ve böylece virüsün kontrolü ele almasına, yaşam döngüsünü tamamlamasına ve yayılmasına yardımcı olduğunu söylediği beş koronavirüs proteinini (NSP1, NSP3, spike glikoprotein, zarf proteini ve ORF9b proteini) ortaya çıkardı. diğer hücrelere.

“Ayrıca, birbirleriyle kendi kendine birleşen sekiz koronavirüs proteini bulduk – nasıl bir araya geldiklerini analiz etmek, virüsün genomunu nasıl kopyaladığına dair yeni bilgiler sağladı. Bununla birlikte, örtüşmeleri hesaba kattıktan sonra, bu hala enfeksiyonda kilit rol oynadığını düşündüğümüz ancak diğer viral veya insan proteinleriyle etkileşime dair yapısal bir kanıtı olmayan 14 protein bırakıyor” diyor Profesör O’Donoghue.

SARS-CoV-2 Başak Glikoprotein

Aquaria’da modellenen SARS-CoV-2 spike glikoproteini ve ACE2 proteini. Kredi: Garvan Tıbbi Araştırma Enstitüsü

“Tüm bu içgörüleri ve verileri araştırmacılar için daha erişilebilir hale getirmek için yapısal kapsama haritası adı verilen yeni bir görselleştirme yöntemi tasarladık. Harita, SARS-CoV-2 hakkında bildiklerimizi ve hala keşfedilmeyi bekleyenleri vurguluyor – ayrıca bilim adamlarının belirli araştırma sorularını araştırmak için 3D modelleri bulmasına ve kullanmasına yardımcı oluyor.”

viral gözetim

Ekibin analizi, daha fazla araştırma için fırsatları ortaya koyuyor. “Bugüne kadar yapılan koronavirüs araştırmalarının çoğu, mevcut aşıların ana hedefi olan spike glikoproteinine odaklandı. Bu protein önemli bir hedef olmaya devam edecek, ancak odağımızı diğer potansiyel hedeflere genişletmemiz ve tüm viral yaşam döngüsünü daha iyi anlamamız da önemli” diyor Profesör O’Donoghue.

Aquaria-COVID kaynağının, araştırmacıların yeni koronavirüs varyantlarının nasıl farklılaştığını ve kritik olarak aşılar ve tedavilerle nasıl daha iyi hedeflenebileceklerini daha kolay araştırmasına yardımcı olabileceğini de ekliyor.

Profesör O’Donoghue, “Virüs ne kadar uzun süre dolaşırsa, mutasyona uğrama ve Delta suşu gibi yeni varyantlar oluşturma şansı o kadar artar” diyor. “Kaynağımız, araştırmacıların virüsün yeni suşlarının birbirinden ne kadar farklı olduğunu anlamalarına yardımcı olacak – yeni varyantlar ortaya çıktıkça başa çıkmada yardımcı olacağını umduğumuz bir bulmaca parçası.”

Referans: “SARS-CoV-2 yapısal kapsama haritası, viral protein birleşimi, taklit ve kaçırma mekanizmalarını ortaya koyuyor” 14 Eylül 2021, Moleküler Sistemler Biyolojisi.
DOI: 10.15252/msb.202010079

Bu araştırma Sony Foundation Australia, Tour de Cure Australia, Wellcome Trust, Biyoteknoloji ve Biyolojik Bilimler Araştırma Konseyi ve Bundesministerium f tarafından desteklenmiştir.eğitim ve araştırma için (BMBF).

Bu proje Garvan Tıbbi Araştırma Enstitüsü, CSIRO Data61, UNSW Sidney, Weihenstephan-Triesdorf Uygulamalı Bilimler Üniversitesi, Münih Teknik Üniversitesi, Dundee Üniversitesi ve University College London arasında bir işbirliğiydi.

Profesör O’Donoghue, Biyoteknoloji ve Biyomoleküler Bilimler Okulu (BABS), UNSW Sydney ve Avustralya’nın ulusal bilim ajansı olan Commonwealth Bilimsel ve Endüstriyel Araştırma Organizasyonu (CSIRO) Data61’de Misafir Bilim Adamı’nda Ortak Profesördür.

.

Gelişmelerden zamanında haberdar olmak için Google News’te Bilim Portal’a ABONE OLUN

ZİYARETÇİ YORUMLARI - 0 YORUM

Henüz yorum yapılmamış.