ALTIN 486,37
DOLAR 8,3616
EURO 9,9348
BIST 1.400
Adana Adıyaman Afyon Ağrı Aksaray Amasya Ankara Antalya Ardahan Artvin Aydın Balıkesir Bartın Batman Bayburt Bilecik Bingöl Bitlis Bolu Burdur Bursa Çanakkale Çankırı Çorum Denizli Diyarbakır Düzce Edirne Elazığ Erzincan Erzurum Eskişehir Gaziantep Giresun Gümüşhane Hakkari Hatay Iğdır Isparta İstanbul İzmir K.Maraş Karabük Karaman Kars Kastamonu Kayseri Kırıkkale Kırklareli Kırşehir Kilis Kocaeli Konya Kütahya Malatya Manisa Mardin Mersin Muğla Muş Nevşehir Niğde Ordu Osmaniye Rize Sakarya Samsun Siirt Sinop Sivas Şanlıurfa Şırnak Tekirdağ Tokat Trabzon Tunceli Uşak Van Yalova Yozgat Zonguldak
İstanbul 36 °C
Sıcak

Yeni yöntem, küçük RNA dünyasını genişletiyor

06.04.2021
147
Yeni yöntem, küçük RNA dünyasını genişletiyor

PANDORA-seq, RNA modifikasyonlarının üstesinden gelerek düzenleyici küçük RNA’ların repertuarını genişletiyor.

Kaliforniya Üniversitesi, Riverside’daki bir biyomedikal bilim insanı tarafından yönetilen bir ekip, yeni bir RNA dizileme yöntemi geliştirdi. “RNA Modifikasyonu İptal Edilmiş Sekanslamanın Üstesinden Gelerek Panoramik RNA Gösterimi” veya PANDORA-seq, önceden tespit edilemezdi.

RNA, bir organizmanın yaşamını sürdürmek için DNA‘daki genetik bilgilerin kodunu çözmede merkezi bir rol oynar. Genel olarak DNA’dan proteinleri sentezlemek için kullanılan ara molekül olarak bilinir. Hücreler, karmaşık ve çeşitli biçimlerde RNA molekülleri ile doludur, iki ana türü ribozomal RNA veya rRNA’dır; ve transfer RNA veya tRNA; proteinlerin sentezinde rol oynayan.

Küçük RNA’lar, kanser, diyabet, nörolojik hastalıklar ve kısırlık dahil olmak üzere sağlık ve hastalıklarda önemli roller oynar. Küçük RNA’ların örnekleri, mikroRNA; piwi etkileşimli RNA veya piRNA; ve tRNA‘dan türetilmiş küçük RNA veya tsRNA. Küçük RNA’lar kimyasal gruplar tarafından değiştirilebilir ve böylece yeni işlevler kazanabilir.

Biyolojik bir numunedeki RNA’nın miktarını ve dizilerini incelemek için yararlı olan yüksek verimli RNA dizileme teknolojilerinin geliştirilmesi, gen ifadesini ince ayarlayan ve genomları koruyan küçük RNA popülasyonlarının genişleyen bir repertuarını ortaya çıkardı.

UCR School of Medicine’de biyomedikal bilimler yardımcı doçenti olan Qi Chen, “PANDORA-seq, çeşitli fizyolojik ve hastalık koşullarında küçük RNA manzaralarını profillemek için yaygın olarak kullanılabilir ve bu koşullarda yer alan anahtar düzenleyici küçük RNA’ların keşfini kolaylaştırabilir,” dedi. “Değiştirilmiş küçük RNA’lar, geleneksel RNA dizileme yöntemleriyle tespit edilmelerini önleyen bir ‘görünmezlik pelerini’ takarlar. Bu tür kaç tane değiştirilmiş RNA vardır? Dizilerinin kökeni nedir? Ve biyolojik işlevleri tam olarak nedir? Bunlar sorulardır, PANDORA-seq cevap verebilir.”

PANDORA-seq, anahtar RNA modifikasyonlarını kaldırmak için aşamalı bir enzimatik işlem kullanır ve bu daha sonra modifiye edilmiş küçük RNA’lar tarafından kullanılan görünmezlik pelerini çıkarır.

Nevada Üniversitesi, Reno Tıp Fakültesi’nden biyoinformatikçi ve çalışmanın ortak yazarı Tong Zhou, “PANDORA-seq Pandora’nın küçük RNA kutusunu açtı” dedi. “Artık bir zamanlar görünmez olan bu partnerlerle RNA balo salonunda dans edebiliriz.”

Chen’e göre PANDORA-seq, daha önce birçok memeli dokusuna ve hücresine hükmettiğine inanılan mikroRNA‘lardan ziyade tsRNA’lar ve rRNA’dan türetilmiş küçük RNA’lar veya rsRNA’ların hakim olduğu şaşırtıcı bir küçük RNA manzarasını ortaya çıkarıyor.

“PANDORA-seq ile, somatik hücreler, yetişkin hücreler tarafından üretilen ve embriyonik kök hücrelerinkilere benzer özelliklere sahip olan uyarılmış pluripotent kök hücrelere yeniden programlandığında, benzeri görülmemiş mikroRNA / tsRNA / rsRNA dinamikleri bulduk. UCR’de biyokimya profesörü yardımcı doçenti ve makalenin ortak yazarı Sihem Cheloufi, “vücudun hücre tipleri,” dedi. “Bazı tsRNAs ve rsRNAs protein sentezini etki ve hatta embriyonik kök hücre soyu farklılaşmasını etkileyen embriyonik kök hücreleri.”

Chen, memelilerde şu anda en çok çalışılan küçük RNA sınıflarının, memeli somatik hücrelerinde bol miktarda bulunan ve hücrelerin ürettiği proteinlerin türünü ve miktarını kontrol eden mikroRNA’lar olduğunu açıkladı; ve esas olarak testiste eksprese edilen ve germ hücre gelişimini modüle eden piRNA’lar.

“Şu anda, bu küçük RNA’lar, RNA dizileme gibi yüksek verimli yöntemlerle kapsamlı bir şekilde profillendirilebilir,” dedi. “Bununla birlikte, yaygın olarak kullanılan küçük RNA dizileme protokolleri, RNA dizilemesi sırasında bazı modifiye küçük kodlamayan RNA’ların saptanmasını engelleyen içsel sınırlamalara sahiptir. PANDORA-seq bu sınırlamaların üstesinden gelir.”

Chen’in laboratuvarında çalışan bir doktora öğrencisi ve araştırma makalesinin ilk yazarı olan Junchao Shi, PANDORA-seq’in kullanımı konusunda hevesli.

“Yeni yöntem, küçük RNA manzaralarının görünümünde devrim yaratabilir,” dedi. “Açıkçası, geleneksel RNA dizilimi kullanan önceki tüm çalışmaların artık yeniden gözden geçirilmesi gerekebilir.”

Cheloufi, ekibin artık tsRNA / rsRNA’nın nasıl üretildiğini, kök hücrelerde nasıl işlediğini ve gelişim sırasında hücre kaderi kararlarını nasıl düzenlediklerini anlamak istediğini söyledi.

“Bu sorulara verilen yanıtlar, teşhis araçları geliştirmek, tedavi hedeflerini belirlemek ve yenileyici tıbbı ilerletmek için tam zamanında” dedi.

PANDORA-seq’i geliştirirken Chen’e kör adamlar ve fil benzetmesi hatırlatıldı, gerçeği öğreten şey ancak çeşitli kısımlar bir araya geldiğinde ortaya çıkıyor.

“Bazen sadece küçük bir kısmına odaklandığımız için büyük resmi unutuyoruz” dedi. “Belki de tam gerçeğe ulaşmanın tek yolu – büyük resim – bilgi sınırımızı zorlamak ve açığa çıkan gerçeği yeni tasarlanan teknolojiyle doğrulamaktır.”

Cheloufi’nin laboratuvarında doktora öğrencisi ve çalışmanın ortak yazarlarından biri olan Reuben Franklin, “Laboratuvarda bir mikroskobun lenslerinden, hücresel yeniden programlama ve farklılaşma sırasındaki derin hücre kaderi değişimini gözlemlemek büyüleyici,” dedi. “Ancak PANDORA-seq, bu işlemler sırasında moleküler oyuncuları gizlice dinlememize izin veriyor.”

Nature Cell Biology

ZİYARETÇİ YORUMLARI - 0 YORUM

Henüz yorum yapılmamış.